由于阴茎结核罕见，故易误诊，应与引起阴茎溃疡的其他疾病如软性下疳，硬性下疳和阴茎阿米巴病相鉴别，对有严重结核的患者，更应提高警惕，阴茎结核的结节与溃疡可能与阴茎癌混淆，确定诊断的方法依靠活检或直接涂片查找结核杆菌及结核菌培养。
阴茎结核诊断鉴别：
1.软下疳。也表现为阴茎头部的浅表性溃疡，病人常有不洁性交史，且溃疡边缘不整齐，周围软，分泌物涂片可见革兰阴性棒状杆菌，而无抗酸杆菌。
2.阴茎梅毒(硬下疳)。也表现为在阴茎头和包皮处的浅表性溃疡，但溃疡的基底部肉芽组织呈紫红色，多有腹股沟淋巴结肿大，分泌物暗视野检查可发现梅毒螺旋体，同时有全身的梅毒改变。
鉴别诊断阴茎结核的具体手段
3.阴茎癌。也可表现为阴茎头溃疡，通常可见有肿块，局部坏死，呈菜花样改变，溃疡位于肿块上，边缘不整齐，活组织检查可见癌细胞。
4.阴茎阿米巴病。也可表现为阴茎头溃疡，但溃疡的边缘不整齐，分泌物检查可发现阿米巴滋养体。
阴茎结核的西医诊断：
1.阴茎癌：龟头内板多发，多有包茎或包皮过长的病史。病程稍缓。早期常发生龟头溃疡，边缘硬而不整齐，腹股沟淋巴结肿大。肿瘤为菜花状，溃疡在肿瘤上形成，病理活检可发现癌细胞。
2.软性下疳：龟头及冠状沟多发。有不洁性交史，阴茎头及包皮粘膜溃疡有臭味的分泌物，腹股沟淋巴结肿大，常形成脓肿。杜克雷氏皮肤试验阳性，分泌物直接涂片或培养可检出杜克雷氏杆菌。
3.坏疽性阴茎炎：由螺旋体与梭状杆菌混合感染引起，病情发展快，龟头可有溃疡，其溃疡多且深，有大量黄白色味臭的渗出液，表面有假膜遮盖，疼痛较剧。严重者龟头及整个阴茎坏死。
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