军团菌病杆菌感染的临床诊断比较困难，仅凭其临床表现很难与其他病原所致的胸部感染鉴别，所以必须进行血清学或病原学检查方可确诊。
一、军团病的诊断依据
1.可为流行或散发发病，多发生于中老年或有慢性疾病患者。
2.发热、大汗、咳嗽，咳白粘痰，伴胸痛、肌痛及乏力。神经、精神症状或恶心、呕吐、腹泻，严重者可出现肾功能衰竭表现。
3.呼吸困难，相对缓脉。肺部可有湿罗音和实变体征或有胸膜摩擦音。
4.白细胞总数增高，肝功能可异常，血尿素氮增高。
5.胸部X线显示单叶或多叶变化较迅速的片状阴影，常伴有脓肿形成，胸腔积液征。
6.特殊检查：直接荧光抗体试验阳性。肺活检组织用特殊染色军团菌阳性;间接荧光抗体试验阳性。特异性血清抗体滴定〉1:256，或双份血清对比高4倍;放射免疫测定法或梅联免疫吸附试验测定尿中可溶性细菌抗原，痰、胸液和肺组织特殊培养有嗜肺军团菌生长。者，可确定诊断。
二、军团病的检查
1.实验室检查
军团病患者白细胞总数在(10～20)×109/L之间，中性粒细胞比例增多，有核左移现象，血沉增快，尿检查约10%有蛋白和显微镜血尿，少数患者有血肌酸酐和尿素氮升高，肝功能试验检查可有丙氨酸转氨酶(ALT)，天冬氨酸转氨酶(AST)，碱性磷酸酶，胆红素升高，肌酸磷酸激酶(MM同工酶)升高亦不少见，低钠血症，低磷血症亦可见，个别患者有肌球蛋白尿。
肾衰竭或弥散性血管内凝血，脑脊液检查常为阴性，少数有压力增高，单核细胞升高至(25～100)×106/L，痰液和气管内吸取物革兰染色仅见少量中性粒细胞而不能发现占优势的细菌，普通培养未能分离致病菌，特异诊断需要从临床标本中分离病原体，确认病原菌或其抗原存在于组织或体液，以及特异抗体4倍以上的增长，军团杆菌可从痰液，胸腔积液或肺组织以BCYE培养基分离。
2.血清学检查
(1)间接荧光抗体法
双份血清抗体效价增高4倍以上，且≥1：128，或者恢复期单份血清效价≥1：956者可以诊断本病，多于3周末(少数6周)血清抗体效价可达诊断标准。本法阳性率约80%。
(2)直接荧光抗体法
由已知抗体检测患者呼吸道分泌物的致病菌，阳性率可达50%，可做早期诊断。
X线胸部检查大都先累及单侧，表现为边缘模糊的圆形阴影或片状支气管肺炎。
三、军团病与其他疾病的鉴别
1.早期应与大叶性肺炎，支气管肺炎，病毒性肺炎，支原体肺炎，立克次体病(如Q热)，鹦鹉热，菌痢，耶尔森菌肠炎和某些弧菌所致肠炎等作鉴别。
2.后期应与慢性肺气肿，肝肾等器质性疾病和某些神经系统感染等相鉴别。
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