隐孢子虫病是由隐孢子虫引起的人兽共患寄生虫病。临床以发热、腹痛、腹泻、体重减轻等为主要症状。大多数患者病程短暂而能自愈。该虫可感染大多数患者的消化道与呼吸道上皮细胞，并在其中繁殖，引起消化道、胆道或呼吸道疾病。不仅可发生有免疫功能缺陷的患者中，如在艾滋病患者的体内引起严重的难治性致死性腹泻，也可发生在免疫功能正常者，如新生儿、婴幼儿等。目前认为，隐孢子虫是导致人类及幼畜腹泻的追求肠道病原体之一。
隐孢子虫病的病征通常于感染后7天左右出现，包括腹痛，水泻、呕吐及发热，大部份患者的病征持续6至10天，但亦有可能会持续数星期。免疫系统有问题的患者如受感染，病情可能非常严重，甚至威胁生命。自1976年正式报道以来发现本病广泛，是旅游者腹泻的常见病原，艾滋病患者并发本病甚多。
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