精囊囊肿的诊断除依靠上述临床表现和实验室检查外，主要是各种影像学检查，包括静脉肾盂造影、输精管精囊造影、经尿道前列腺超声扫描及CT、MRI检查。
精囊囊肿的诊断标准：
尿道膀胱镜检查可提示患侧膀胱三角区和膀胱壁畸形(为大囊肿挤压膀胱所造成的膀胱受压变形)。
静脉肾盂造影可以显示其同侧肾缺如、肾发育不良、集合系统重复畸形或膀胱畸形。然而囊肿对膀胱的压迫可能显示不明显，同时盆腔其他肿块如苗勒管囊肿也可伴肾发育不良，因而对精囊囊肿无诊断意义。
排泄性膀胱尿道造影和输精管精囊造影在证明精囊扩张或畸形、射精管狭窄等精道异常及尿路异常方面有重要价值。此外，尿道膀胱造影还可以造影剂向同侧异位输尿管的返流，来鉴别异位扩张的输尿管和精囊囊肿伴异位输尿管。
经直肠囊肿穿刺可吸出黑褐色囊液，内含死精子、白细胞，细菌培养阳性。
经腹或经直肠超声扫描可以显示一侧肾缺如或发育不良，可证实精囊肿块的性质，且可以明确前列腺内解剖及鉴别来自精囊的囊性肿瘤。
同样地，CT可以证明肾缺如、肾发育不良及盆腔肿块，且可以区分其性质是实质性或囊性。
则可以清楚地显示盆腔内解剖并提供关于同侧射精管扩张的资料。当看到在前列腺内扩张的射精管时，应注意有关异位输尿管插入精路。
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