组织病理学检查，肛管癌多为鳞状细胞癌，少数为腺癌或恶性黑色素瘤。
1.肛门指诊：
齿线附近可触及肿块，指套染有腥臭分泌物。
2.肛窥器检查：
可见肛管内肿块呈息肉样、蕈状或有溃疡和浸润，肛管缩窄。临床上多见，一般以肛旁脓肿开始，局部疼痛明显，脓肿破溃后形成瘘，疼痛亦随之减轻。肛瘘多数在肛管后正中处，并与齿状线相连，肛管黏膜完整。有时形成硬结或条索状。指检时挤压可见瘘口流出脓性分泌物，往往在坐浴和抗感染后症状好转。肛瘘用探针检查即可证实，如疑有癌变，则应活检明确诊断。
肛门部瘙痒、刺痛，皮肤变硬或局部原有的瘢痕变硬，有的为局部结节或形成溃疡，局部取组织作病理检查即可确诊。
肛周癌的早期症状主要为肛缘的小肿块，生长缓慢，无痛无痒。长大后可产生溃疡、出血及疼痛，侵犯肛管及肛管括约肌时疼痛更为明显。
肛管癌早期症状不明显，进展期的临床表现类似直肠下段癌，主要有下列方面：
1.大便习惯改变 排粪次数增加，常伴里急后重或排便不尽感。
2.粪便性状改变 粪条变细或变形，常带有黏液或脓血。
3.肛门疼痛 肛门疼痛是肛管癌主要特征，初时肛门不适，逐渐加重以致持续疼痛，便后更明显。
4.肛门瘙痒伴分泌物 由于肛管癌分泌物刺激肛周皮肤，患者肛门瘙痒。分泌物伴腥臭味。
5.肛管内肿块 直肠指检或用肛窥器检查可见肛管内溃疡型肿块或息肉样、蕈状肿块，也有呈浸润型肿块伴肛管缩窄。
6.腹股沟淋巴肿大 肛管癌病者就诊时常可及一侧或双侧腹股沟淋巴结肿大，多个，质韧实，或带有疼痛。
根据病史、临床表现，诊断主要依据组织病理学和肛窥器检查结果。
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