（临床也称间充质干细胞）。从临床角度考虑，采用外源性骨髓干细胞具有几个吸引人的特征：
1.在伦理上可无争议的使用自体骨髓干细胞，并且这些细胞较为容易获得。
2.患者的移植是安全的，几乎没有肿瘤形成的风险；
3.在脑卒中的动物模型中已充分证实这些非神经干细胞静脉注射或动脉注射后促进脑功能的恢复，其改善可能是由于多种机制引起的。包括间充质干细胞和原始细胞的骨髓细胞可以通过各种修复因子而发挥作用。通过周身或者脑内途径递送动物或人来源的骨髓间充质基质细胞能促进脑卒中后的功能恢复。骨髓间充质干细胞通过以来基质部分迁移到受损的大脑区域。这些细胞增强了大量内在的修复机制，例如，增加血管生成和脑室下区域细胞增殖及梗死周围的顶叶皮层的轴突重排；增加缺血纹状体及和去神经支配侧的颈段脊髓灰质中轴突密度以及脱髓区域的少突胶质细胞再生和髓鞘再生。回输间充质干细胞促进了损伤同侧和对侧皮层和皮层下结构轴突的可塑性，这个作用与行为恢复的程度相关。重要的是，即使在患者卒中后一个月移植间充质干细胞，也会产生功能性益处，并且其作用可以持续至少1年。
4.骨髓原始干细胞通过旁分泌机制促进脑卒中的康复。
研究发现自体骨髓有核干细胞的疗效来源于不同细胞亚型，包括淋巴细胞、髓样细胞及间充质干细胞等细胞均是脑保护作用所必须的。
典型案例：
患者女，56岁，脑外伤手术后昏迷一个月，上肢肌力2~3级，下肢肌力1~2。采用自体骨髓提取100毫升，通过细胞分离分离出有核干细胞8毫升。患者侧卧位进行腰穿，放出脑脊液8毫升，将8毫升自体骨髓有核干细胞经腰穿针输注，分离有核干细胞以后的血浆和红细胞经周围静脉输注。一周后上肢肌力逐渐恢复，术后3个月上调至肌力恢复接近正常，下肢肌力3~4级，已经安排出院。配合功能锻炼下肢肌力逐渐恢复，术后6个月来源复诊行走自如。

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